Hepatitis:Baza podataka

 Baza podataka o hepatitisu pokazala je nadu, a poboljšanja se mogu koristiti za   ranije   otkrivanje međunarodnih epidemija,govore naučnici.
 Tim je procijenio korisnost od prikupljanja podataka za geografska područja  i   otkrivanje pojave bolesti, a rezultati su objavljeni u časopisu Eurosuveollance.

Prethodne epidemije hepatitisa A povezane su s bobičastim voćem

Mreža virusa hepatitisa A (HAVNet) je međunarodna laboratorijska mreža postavljena 2010. godine za dijeljenje sekvenci i odgovarajućih metapodataka o virusu hepatitisa A u mrežnoj bazi podataka.

Virus hepatitisa A (HAV) uzrokuje akutnu bolest jetre i prenosi se ingestijom kontaminirane hrane i vode ili izravnim kontaktom s zaraženom osobom. Zemlje koje proizvode i izvoze voće, povrće i školjke mogu imati veću razinu HAV endemičnosti od onih koje uvoze proizvode.

Zbog dugog razdoblja inkubacije za hepatitis A od 15-50 dana, povezivanje i praćenje klonova koji se prenose hranom ili izbijanja HAV-a nisu izravni. Virus je stabilan u okolišu, a zarazna doza je niska. Također se može nalazit  u zamrznutim, gotovim proizvodima koji se  isporučuju na globalnoj razini.

Epidemija hepatitisa A koja je nedavno proglašena u Švedskoj kod 20 osoba i povezana je s smrznutim uvezenim jagodama iz Poljske.

Evropske vlasti još uvijek istražuju 62 slučajeva hepatitisa A koji je izbio u osam zemalja EU najkasnije sredinom juna 2018. godine. Slučajevi u Danskoj, Francuskoj, Njemačkoj, Irskoj, Holandiji, Španiji, Švedskoj i Ujedinjenom Kraljevstvu zaraženi su jednim od dva HAV genotipa IA sojeva.

Od jula do kraja augusta, Austrija je zabilježila devet slučajeva hepatitisa A s nepoznatog iz-vorom. Ne vjeruje se da su ti slučajevi povezani s epidemijom u više država EU.

Preuzimanje HAVNetovih podataka u februaru 2017. korišteno je za analizu koja sadrži 9.211 izvještaja s 9.783 sekvenci (572 izvještaja su govorili o dvije sekvence iz dvije različite genom-ske regije), od kojih je 1826 prijavilo 18 članova HAVNet-a, a 6.785 je preuzet od GenBank.

Za epidemiološke podatke procijenjeno je 2.426 izvještaja članova HAVNet-a. Od njih je prija-vljeno 972 mogućih izvora infekcije, od kojih je 508 putovalo u endemsku zemlju, a 77 je zabi-lježilo mogući izvor hrane, od čega 16 su školjke, 18 svježe ili zamrznuto voća i 43 od druge ili nepoznate hrane.

Istraživači su izjavili da u mnogim izvještajima, nedostaju bitni metapodaci, dok su neki dijelovi svijeta dobro pokriveni u izvještaju.

"Analiza trenutnog globalne sume podataka o nizu za HAV pokazuje da je HAVNet baza po-dataka obećavajuća za praćenje izvora; međutim, potrebno je poboljšati kvalitetu podataka kako bi se pokrili propusti u vezi bitnih metapodataka i omogućili optimalno i pravodobno ko-rištenje tih podataka u studijama pojavljivanja ", rekli su.

Za izvještaje HAVNet-a s potpunim datumom uzorkovanja i izvještivanjem nakon 2010. godine, medijalno kašnjenje izvještavanja za izvjetaje s uključenim 850 je 94 dana (min = 0 dana, max = 1.282 dana), s velikim razlikama od zemalja i bez trenda tokom godina.

"S trenutnim vremenima kašnjenja za izvještavanje, baza podataka može poslužiti kao alat za otkrivanje pojave zamrznute hrane s dugim rokovima. Za svježe proizvode, međutim, pravo-vremenost zahtijeva poboljšanje, jer, u kombinaciji s dugim razdobljem inkubacije za HAV, izvan područja djelovanja ", rekli su istraživači.

Međutim, podaci prikupljeni u mreži podržali su otkrivanje i praćenje izvora nekoliko međuna-rodnih epidemija uzrokovanih prehranom.

Baza podataka zaštićena lozinkom koristi se na temelju davanja i primanja koja uključuje potpisivanje sporazuma o povjerljivosti.

Istraživači su rekli da li se HAVNetova baza podataka može dodatno poboljšati, ona bi mogla iskoristiti druge izvore ili biti korištena u ranijim fazama međunarodnih slučajeva izbijanja hepatitisa.

"Kako bi se optimizirao profit javnog zdravlja, zajednica HAV-a se potiče da proširuje svoje nastojanja za određivanje genoma, u smislu pokrivanja genoma, pružanja metapodataka i pravovremene razmjene podataka", dodali su.

Virus hepatitisa A (HAV) pripada rodu Hepatovirus unutar obitelji Picornaviridae .Postoji sa-mo jedan priznati serotip HAV-a. Temeljem parcijalnih genomskih sekvenci, identificirana su tri ljudska genotipa (I do III), s različitom zemljopisnom raspodjelom .

Virus uzrokuje akutnu bolest jetre i prenosi se gutanjem kontaminirane hrane i vode ili izravnim kontaktom s zaraznom osobom. I infekcija i cijepljenje dovode do cjeloživotnog imuniteta.  Učestalost je snažno povezana s socioekonomskim pokazateljima i pristupom pitkoj pitkoj vo-di, a znatno je smanjena u posljednjim desetljećima s poboljšanjima u sanitarnim i higijenskim uslovima,u kombinaciji kod nekih regija, s cijepljenjem u djetinjstvu. Razina endemičnosti HAV-a procijenjena je za svjetske regije globalnog tereta bolesti (GBD), s četiri razine: (i) visoka, ≥ 90% stanovništva ima imunitet u dobi od 10 godina; (ii) intermedijar, ≥ 50% ima imunitet do dobi od 15 godina; (iii) niska, ≥ 50% imaju imunitet u dobi od 30 godina; (iv) vrlo niska, <50% imaju imunitet u dobi od 30 godina. U područjima visoke endemije, gotovo sva djeca postaju zaražena u vrlo mladoj dobi, a većina odraslih osoba je zaštićena.

Visoka endemičnost još uvijek je prisutna u nekim zemljama u razvoju, uglavnom u Africi, a na Bliskom Istoku, Aziji i Srednjoj i Južnoj Americi.

U zemljama vrlo niske endemije, grupe s povećanim rizikom od hepatitisa A uglavnom su turisti, muškarce koji imaju seksualni odnos s muškarcima (MSM) i osobe koje intravenozno upotrebljavaju droge. Osim ovih rizičnih grupa, postoji opći rizik od infekcije kroz potrošnju kontaminirane, uvezene hrane. Zbog globalizacije tržišta hrane taj se rizik povećava. Zemlje koje proizvode i izvoze proizvode od voća, povrća i školjk mogu imati veću razinu HAV endemičnosti od zemalja koje uvoze proizvode. Budući da je virus vrlo sta-bilan u okolišu, a doza potrebna za zarazu osjetljivih ljudi je niska, vjerojatno će se pojaviti epidemija kada se kontaminirana hrana uvodi u veliku, osjetljivu populaciju. Uz ovaj rizik do-daje se činjenica da je virus izvrsno očuvan u zamrznutim, spremnicima za hranu , koja se  isporučuje na globalnoj razini.

Zbog dugog razdoblja inkubacije za hepatitis A (15-50 dana), povezivanje i praćenje klastera koji se prenose hranom ili izbijanja HAV-a nisu izravni. S obzirom na stabilnost HAV-a, mole-kularno tipiziranje i usporedba HAV sojeva može pomoći identificirati epidemije i povezati slučajeve, osobito u epidemijama s hranom koja je raspršena u širokoj geografskoj regiji. To zahtijeva međunarodnu razmjenu kombiniranih epidemioloških i laboratorijskih podataka.

Više od 7.000 sekvenci HAV-a (uključujući simian sekvence) dostupni su u otvorenom nizu repozitorija GenBank , ali nedostaje strukturirana registracija epidemioloških podataka kao što je izvor ili država infekcije. Tokom 2010. godine uspostavljena je međunarodna labora-torijska viralna mreža hepatitisa A, HAVNet i formirana je baza podataka sekvenci HAV u kombinaciji s epidemiološkim podacima, počevši od baze podataka koja se koristi u bivšem evropskom projektu, Food-borne viruses in Europe Network . Ovdje opisujemo podatke koji su trenutno dostupni u HAVNet bazi podataka. Procjenjuje se cjelovitost epidemioloških po-dataka, a raspoložive se sekvence analiziraju na duljinu, genomsku regiju i genetsku razno-likost. Ti se rezultati upotrebljavaju za procjenu korisnosti sadašnjih grupnih podataka za geografsku zabilješku, detekciju povratne trake i pojavljivanja.

Opisna analiza epidemioloških podataka HAVNet-a

Analizirana su 2.426 izvještaja članova HAVNet-a za epidemiološke podatke. Od njih je pri-javljeno 972 (40%) s mogućim izvorom infekcije (Tablica). Od izvještaja s prijavljenim izvorom infekcije, 508 (52%) prijavilo je put u endemsku zemlju, a 77 (8%) prijavilo je moguće izvore hrane, od kojih je 16 prijavilo školjke, 18 svježe ili zamrznuto voća i 43 drugu ili nepo-znatu hranu. Manje je u izvještaju pokazalo druge epidemiološke podatke: samo 282 (12%) u izvještaju članova HAVNeta zabilježili su status cijepljenja, a 79 (3%) zabilježilo je li pacijent bio hospitaliziran (podaci nisu prikazani).

Prijavljeni izvor hepatitisa A u HAVNet izvještajima, 2000-2017 (n = 972)

Kontakt s pacijentom hepatitisa A	241
Kontakti s putnikom koji ima hepatitisom A	5
Beskućnici / PWID	13
MSM	115
Putovanje u endemsku zemlju	508
Svježe ili smrznuto bobičasto voće	18
Školjke	16
Prehrana: ostalo / nepoznato	43
Drugo	13
Ukupno	972

Izvor:Food Safety News i Eurosurveilloance